Služba za epidemiologiju kontinuirano prati i analizira epidemiološku situaciju na području Županije, te provodi opće i posebne mjere za sprečavanje i suzbijanje zaraznih bolesti na području Brodsko-posavske županije
* praćenje kretanja zaraznih bolesti, rano otkrivanje izvora zaraze i puteva prijenosa  na temelju prijava zaraznih bolesti s intervencijom i  provedbom mjera  suzbijanja obzirom na pojedinačnu ili epidemijsku pojavu,
* nadzor nad kliconošama akutnih i kroničnih zaraznih bolesti, te vođenje registara,
* zdravstveni nadzor nad određenim kategorijama zaposlenih osoba: koje obavljaju poslove u proizvodnji i prometu namirnica, odnosno opskrbi pučanstva pitkom vodom, a koje na svojim  radnim mjestima dolaze u dodir s namirnicama, odnosno pitkom vodom,  pregledi osoba koje obavljaju poslove u školama i drugim ustanovama za djecu i mlade, pregledi zdravstvenih djelatnika koji rade u zdravstvenim ustanovama i ustanovama socijalne skrbi, obavljaju preglede, liječenje, njegu bolesnika i osoba koje rade u proizvodnji, opremanju i izdavanju lijekova.
* zdravstveni nadzor nad putnicima u međunarodnom prometu prema Međunarodnom sanitarnom pravilniku,
* nadzor nad provođenjem obveznih imunizacija na području Županije, potrošnjom cjepiva po Programu, izdavanjem cjepiva u ordinacije koje sudjeluju u Programu, prikupljanjem mjesečnih izvješća s terena, objedinjavanjem potreba za cjepivima s nabavkom od centralnog distributera te raspodjela prema mjestima rada, odnosno ordinacijama na području Županije,
* praćenje i evidencija  eventualnih nepoželjnih nuspojave s postvakcinalnim komplikacijama,
* izrada mjesečnog i godišnjeg izvješća o izvršenim obveznim imunizacijama, planovi cijepljenja za slijedeću godinu, periodični plan nabave cjepiva, organizacija, kontrola i evakuacija,
* u djelokrugu antirabične ambulante je anketiranje i cijepljenje protiv bjesnoće po  epidemiološkim indikacijama,
* cijepljenje s ostalim cjepivima izvan obveznog programa, a po epidemiološkim indikacijama,
* kontinuirana provedba zdravstvenig odgoja i prosvjećivanje ugroženih osoba u okviru mjera za sprečavanje bolesti, a posebno provođenjem tečaja tzv. "Higijenskog minimuma" za osobe zaposlene u proizvodnji i prometu namirnica,
* temeljem trajnog plana i programa  nadzire se provedba mjera dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije, a po potrebi i provode preventivni i protuepidemijski postupci za područje Županije.
Centar za dobrovoljno savjetovanje i testiranje HIV/AIDS
Od 01. ožujka, 2006. u okviru Službe otvoren je Centar za besplatno i anonimno HIV testiranje i savjetovanje (CTS). U savjetovalištu rade dva savjetnika od kojih je jedan koordinator. Oni nastoje, u suradnji s korisnicima, pomoći savjetom te testiranjem na HIV infekciju. Osnovni cilj rada CTS-a je povećati dostupnost dobrovoljnom, anonimnom i besplatnom testiranju i savjetovanju cijeloj populaciji, osobito osobama u skupinama rizičnog ponašanja. Radom u Centru nastoji se utjecati na usvajanje pozitivnih životnih stavova i stilova kao što su: odgovorno spolno ponašanje, nekorištenje psihoaktivnih droga, a kada se rizici dogode pomoći po principima dragovoljnosti, besplatnosti i anonimnosti za korisnika, a ovaj način održavati nisku razinu oboljelih od HIV/AIDS-a i smanjiti rizik od povećanog širenja bolesti u budućnosti.

Područja od posebnog interesa ove Službe
Unazad nekoliko desetljeća u okviru ispitivanja zavičajne patologije istraživači Službe su uključeni  i u posebne projekte prevencije kroničnih nezaraznih bolesti i znanstveno-istraživačke projekte istraživanja endemske nefropatije i karcinoma gornjeg urotela.
Zadnjih nekoliko godina isto je slučaj sa nekoliko prirodnožarišnih zoonoza prisutnih na području ove Županije.